Después del 1:1 en la ida, Gerd Müller sentenciaría al Madrid con un doblete para ganar 2:0, por lo que el club jugaría su tercera final de manera consecutiva. Ese año el Bayern caería en la tercera ronda de la Copa de Alemania ante el Duisburgo, y en la liga solo alcanzarían el décimo lugar. Copa de Europa», y anotaría al 57′ el único gol del partido ante el Saint-Étienne para ganar por tercera vez la Copa de Campeones de Europa. Tras el primer gol de Eto’o, los aficionados del Real Madrid acaban aplaudiendo los dos goles de Ronaldinho y reconociendo la superioridad del FC Barcelona, elogiado por todos los medios de comunicación como uno de los mejores equipos de Europa. El 16 de junio se enfrentó en el mítico Maracaná de la ciudad de Río de Janeiro a la debutante selección de Catar en torneos de Copa América donde sorpresivamente igualaron 2-2 tras una remontada de los cataríes con goles de Óscar Cardozo de penal en el minuto 3 y Derlis González en el minuto 55, adelantaban a los guaraníes por 2-0 pero Almoez Ali descontó para los árabes en el minuto 67 desde un remate de media distancia y en el epílogo del partido apareció un autogol del paraguayo Rodrigo Rojas en el minuto 77 para igualar el juego.
Contra los argelinos, una vez más la Seleção no estuvo a la altura de las expectativas. El trofeo final que ganó el Bayern, fue la Copa Intercontinental, en la cual derrotó al Cruzeiro de Brasil, mientras que perdió nuevamente la Supercopa de Europa, esta vez ante el Anderlecht. Durante este tiempo los jugadores del Bayern aparecían a menudo en las páginas de la prensa rosa en vez de las páginas deportivas, dando por resultado que lo apodaran el «FC Hollywood». A partir de la temporada 1996-97 se aplica la llamada “ley Bosman”, que consideraba a cualquier jugador de la Unión Europea como propio del país, sin ocupar plaza de extranjero. En la temporada 1996-97 Trapattoni regresó como entrenador volviendo a conquistar el campeonato, pero en la siguiente temporada el Bayern no consiguió el título -el campeón fue el Kaiserlautern-, y Trapattoni tuvo que despedirse. Los bilbaínos renunciaron a jugar el 20 de abril contra sus vecinos guipuzcoanos, marchando para Bilbao, camisetas de fútbol baratas por lo que el San Sebastián Recreation Club fue declarado ganador y obtuvo así el subcampeonato según algunas fuentes. En 1974 Paul Breitner dejaría el club para irse al Real Madrid, pero llegarían dos nuevos jugadores, Klaus Wunder del Duisburgo, y un delantero de tan solo 18 años de edad, Karl-Heinz Rummenigge.
Ese año en cambio se perdió la final de la Copa de Europa contra el Aston Villa por 0:1. Por otra parte, entre 1966 y 1981 el Bayern colocó a varios de sus jugadores en el galardón del futbolista del año en Alemania hasta un total de once veces: Beckenbauer (4), Maier (3), Müller (2), Rummenigge y Breitner con uno. Ese mismo año se produce la llegada del salesiano Padre Guillermo Viñas a la ciudad imponiendo el fútbol entre sus discípulos como actividad para fomento del espíritu, surgiendo posteriormente de esta cantera futbolistas que luego serán claves, cerrando 1910 y en tercer lugar la creación en septiembre de la sección futbolística del Patronato de la Juventud Obrera amparada por los jesuitas. El partido quedaría 1:1 por lo que tendría que jugarse el partido de desempate. En la primera temporada de Hitzfeld, el Bayern conquistó la Bundesliga y estuvo cerca de conquistar la Liga de Campeones, pero perdieron 1:2 contra el Manchester United en el tiempo extra después de estar ganando en la mayor parte del partido. Manchester Evening News (en inglés).